創(chuàng)新科技
創(chuàng)新決定未來,奇天基因?qū)W⒂诘葴睾怂釘U(kuò)增技術(shù)的研發(fā)及應(yīng)用,擁有RAA技術(shù)專食品安全檢測篇
1.食源微生物
1.1 Multiplex bacteria detection using one-pot CRIS-PR/-Cas13a-based droplet microfluidics
1.2Rapid detection of Salmonella with RecombinaseAided Amplification
1.3不對稱重組酶介導(dǎo)擴(kuò)增結(jié)合分子信標(biāo)檢測金黃色葡萄球菌方法的建立與應(yīng)用
1.4重組酶介導(dǎo)擴(kuò)增技術(shù)快速檢測沙門菌方法的建立
1.5重組酶介導(dǎo)擴(kuò)增方法快速檢測A族乙型溶血性鏈球菌
1.6CRISPR-Cas13a 結(jié)合重組酶介導(dǎo)的擴(kuò)增快速檢測副溶血性弧菌方法的建立
1.7 CRISPR-Cas13a輔助RAA快速檢測金黃色葡萄球菌的研究
1.8重組酶介導(dǎo)等溫核酸擴(kuò)增方法快速檢測土壤沙門氏菌
1.9重組酶介導(dǎo)等溫擴(kuò)增技術(shù)檢測哈維氏弧菌
1.10動物源性食品中致病微生物的快速PCR檢測
2.綜述
2.1重組酶等溫擴(kuò)增技術(shù)在分析檢測中的應(yīng)用研完進(jìn)展
Multiplex bacteria detection using one-potCRISPR/Cas13a-based droplet microfluidics
Abstract:High-throughput detection of bacteria at low levels is critical in public health,food safety,and first response.Herein,for the first time,we present a platform based on droplet microfluidics coupling with the recombinasealded amplification(RAA)-assisted one-pot clustered regularly interspaced short palindromic repeats togetherwith CRSPR-associated proteins 13a(CRISPR/Cas13a) assay,and droplet encoding strategy for accurate andsensitive deter mination of nudeic adidsfrom various foodborne pathogens.The workflow takes fulladvantageof CRISPR/Cas13a signal amplification and droplet confinement effects,which enhancesthe detection sensitivi-ty and enables end-point quantitation.Meanwhile,by varying the color of droplets,the number of bacteriadetectedatthe same time is greatly improved.Ilt possesses the capability to simultaneously detectseven differ-ent types of foodborne pathogens.Notably,the system is also applied to real food samples with satisfactoryresults.Overall,in view of superiorities inhigh sensitivity,outst anding selectivity,and large-scale multiplexing,the one-pot CRISPR/Cas13a-based droplet microfluidic system could be expanded and universalized for identi-fying other bacteria.
Key words:Bacterla,Multiplex detection,RAA,One-pot CRSPR/Cas13a assay,Droplet microfluidics,Drapletencoding.
Rapid detection of Salmonella withRecombinase Aided Amplification
Abstract:Rapid Salmonella detection using Recombinase Aided Amplification was established.The reactioncompletes in20 min at 39 ℃ and can be performed with a portable device.Once further impraved,this methodshould be a great choice for monitaring contamination,such as foodborne Salmonella or for similar purposes.
Keywords:Salmonella,Re combinase Aided Amplification,Foodborne,Food safety.
不對稱重組酶介導(dǎo)擴(kuò)增結(jié)合分子信標(biāo)檢測金黃色葡萄球菌方法的建立與應(yīng)用
摘要:目的建立一種基于重組酶個導(dǎo)擴(kuò)增技術(shù)(RAA)與分子信標(biāo)相結(jié)合的病原菌恒溫快速檢測方法。方法方法學(xué)的建立。通過金黃色葡萄球菌A蛋白(SPA)所對應(yīng)的基因設(shè)計相應(yīng)引物及分子信標(biāo)探針,不斷調(diào)整引物濃度比例以確定最住引物濃度比來進(jìn)行不對稱擴(kuò)增,利用不對稱重組酶介導(dǎo)擴(kuò)增并與分子信標(biāo)探針雜交,通過瓊脂糖凝膠電泳及熒光采集觀測結(jié)果。將陽性質(zhì)粒以10倍的梯度稀釋,檢測該方法的靈敏度。利用該RAA雜交法檢測大坪醫(yī)院檢驗科微生物室保存的2016年12月的72株包含金黃色葡萄球菌及葡萄球菌屬其他種細(xì)菌的菌株,以檢測該方法的特異性。在特異性實驗基礎(chǔ)上添加我室保存的2016年12月的39其他菌株進(jìn)行 Kappa一致性檢驗及臨床診斷效能評價。結(jié)果當(dāng)限制性引物與非限制性引物的濃度比例在1:20時,產(chǎn)生單鏈DNA(SSDNA)的效率最高。不對稱RAA擴(kuò)增與分子信標(biāo)探針雜交的效率明顯高于對稱擴(kuò)增。該方法的靈敏度為20拷貝/ul。RAA雜交法能夠?qū)⒔瘘S色葡萄球菌與萄球菌屬其他菌株區(qū)分,與傳統(tǒng)金標(biāo)準(zhǔn)相比Kappa為0.860,一致性良好。經(jīng)過對111株菌株的檢測,該方法敏感度為92.5%(37/40),特異度為97.2%(691/71),陽性預(yù)測值為94.9%(37/39),陰性預(yù)測值為95.8%(69/72),陽性似然比為33.04,陰性似然比為0.077,約登指數(shù)為0.897。與傳統(tǒng)金標(biāo)準(zhǔn)相比,Kappa為0.902,兩種方法一致性良好。結(jié)論通過對不對稱RAA擴(kuò)增條件的優(yōu)化及與分子信標(biāo)探針的結(jié)合,建立了RAA雜交技術(shù)檢測細(xì)菌DNA的新方法,為恒溫擴(kuò)增應(yīng)用于臨床奠定基礎(chǔ)。(中華檢驗醫(yī)學(xué)雜志,2017,40:309-313)
關(guān)鍵詞:金黃色葡萄球菌;核酸擴(kuò)增技術(shù);分子探針
重組酶介導(dǎo)擴(kuò)增技術(shù)快速檢測沙門菌方法的建立
摘要:目的采用重組酶介導(dǎo)核酸擴(kuò)增方法(Recombinase aided amplification,RAA),建立沙門菌快速檢測方法。方法根據(jù)沙門菌的 invA 基因設(shè)計引物和探針,通過構(gòu)建含目的基因片段的質(zhì)粒分析RAA方法的靈敏度,通過檢測大腸桿菌、志賀菌驗證方法的特異性,并檢測沙門菌陽性樣本進(jìn)行驗證。結(jié)果建立的方法在39℃下進(jìn)行,檢測時間在20 min以內(nèi),檢測下限為102拷貝ul,與大腸桿菌、志賀菌無交叉反應(yīng),特異性良好。結(jié)論建立的RAA檢測方法具有快速、靈敏、特異以及操作簡便等特點,適用于沙門菌的快速檢測。
關(guān)鍵詞:沙門菌;重組酶介導(dǎo)擴(kuò)增;分子檢測
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